Одеський національний медичний університет (далі ОНМедУ) є членом Міжнародної асоціації університетів та Міжнародного наукового комітету ЮНЕСКО. Міжнародна асоціація університетів, що заснована в 1950 році за ініціативою ЮНЕСКО, об’єднує близько 600 установ і організацій з 150 країн. Взаємодія на міжнародному, національному і регіональному рівнях дозволяє ідентифікувати основні тенденції і проблеми сучасної вищої школи з метою прийняття вірних стратегічних і тактичних управлінських рішень.

ОНМедУ є активним членом  Асоціації приморських медичних університетів. Метою цієї асоціації є встановлення зв’язків медичних університетів та факультетів Чорноморського і Середземноморського басейнів для підвищення ефективності науково-дослідної і освітньої роботи на основі використання регіональних економічних і культурних зв’язків.    Також ОНМедУ є членом Асоціації Медичної Освіти в Європі (Medical Education in Europe – 2).

ОНМедУ є партнером та учасником Болонського процесу та виконує положення  Великої Хартії Університетів (“Magna Charta Universitatum”), – документу, що декларує найважливіші етичні та загально методичні принципи вищої освіти Європи.

Тривають переговори та підготовка до формування Міжнародного Клубу Почесних Докторів та Візитуючих Професорів ОНМедУ, до процесу залучені Почесні Доктори з різних країн Європи та світу. Проф. Могенс Бюгге (Швеція) бере активну участь в організаційних зусиллях щодо створення цього Клубу.

65 співробітників ОНМедУ є членами міжнародних організацій та товариств, таких як: Європейська спілка з інтенсивної терапії, Спілка з медицини невідкладних станів, Європейська спілка анестезіологів, Європейська спілка з кардіології, Американська Асоціація Кардіологів, Європейська федерація з вивчення болю, Європейська асоціація педіатричних інфекційних хвороб, Європейська академія викладачів загальної практики/сімейної медицини, ЮНІСЕФ, Європейської асоціації діалізу та трансплантації, Член Європейської асоціації ендоскопічних хірургів, Європейска асоціації ринологів, Європейська Асоціація Урологів, Міжнародна Ендоурологічна Спілка, Асоціація превентивної та антиейджинг медицини за підтримки Всесвітнього товариства медицини Антиейджингу, Міжнародне товариство головного болю, Міжнародне товариство з психіатричної генетики, Міжнародна протиепілептична ліга, Міжнародна організація вивчення мозку, Американська асоціація кардіологів, Європейська асоціація педіатричних хірургів та ін.