Кафедра хірургії № 2 (у минулому факультетської хірургії) була заснована через два роки після створення медичного факультету Новоросійського університету у 1902 році. Її творцем і першим керівником був видатний вчений-хірург та педагог Кирило Михайлович Сапежко (1857-1928).

Після нього керівником кафедри з 1919-1921 роки було назначено учня К.М. Сапежко – Анатолія Андрійовича Новікова.

З 1921 року по 1931 рік завідувачем кафедри стає видатний хірург та громадський діяч Володимир Леонтійович Покотило – учень П.І. Д’яконова.

Після смерті професора Покотила, його пост займає проф. Павло Георгійович Часовніков, котрий задав науковий напрямок кафедрі на роки керівництва (1931-1944рр). Під його контролем до 1936 року було зроблено більше 900 операцій на жовчних шляхах, біля 200 операцій на щитоподібній залозі.

З 1945 по 1964 рр. кафедрою керував проф. Михайло Павлович Соколовський. Під його початком кафедра стала вивчати патофізіологічні процеси в рані, при кишковій непрохідності, захворюванніх периферичних судин.

З 1964 року по 1990 рік завідувачем кафедри стає його учень – Анатолій Станіславович Синовець.

В 1990му році кафедру факультетської хірургії об’єднують з кафедрою загальної хірургії. В період до 2000-го року кафедрою керували і реорганізовували професори Дегтяр Анатолій Леонтійович, а під керівництвом проф. Сона Анатолія Сергійовича додатково включено курс нейрохірургії.

З 2000-го року і по наші часи завідувачем кафедри факультетської хірургії, а з часом кафедри хірургії № 2 є видатний і талановитий вчений-хірург, д.м.н., заслужений лікар України і лауреат державної премії України, – Борис Сергійович Запорожченко.